104540 VO Bioinformatik
Sommersemester 2022 | Stand: 05.05.2022 | LV auf Merkliste setzenPriv.-Doz. Dipl.-Ing. Dr. Hubert Hackl Priv.-Doz. Dipl.-Ing. Dr. Hubert Hackl
Erwerben von grundlegendem Wissen in der Bioinformatik, grundlegende Kenntnisse und Anwendungsmöglichkeiten der Sequenzanalyse sowie der wichtigsten biologischen Datenbanken. Verständnis und Überblick der bioinformatischen Analyse von Hochdurchsatzdaten.
Einführung in die Bioinformatik:
Herausforderungen der Bioinformatik und der Computational Biology, Grundlagen der Informations-verarbeitung, Biologischer Informationsfluss und transkriptionelle Regulation.
Biologische Datenbanken:
Genbank, NCBI, PubMed, UniProtKB/Swiss-Prot, ENSEMBL, Strukturdatenbanken, spezielle Datenbanken.
Biologische Sequenzanalyse:
Homologiebestimmung mittels paarweiser Alignments, BLAST, Datenbanksuche, Multiples Sequenz-alignment, Genomanalyse, Prädiktive Methoden für Protein- und DNA-Sequenzen, funktionelle Vorhersage, Regulatorische Sequenzen und Motifsuche, Hiden-Markov Modelle
Hochdurchsatzmethoden:
Genexpressionsanalyse und neue Sequenziertechnologien sowie deren Anwendungen
Datenanalyse und Interpretation:
Maschinelles Lernen, Clustering, Enrichment Analyse, Biologische Pathway- und Netzwerkanalyse
Vortrag, Beurteilung aufgrund eines einzigen Prüfungsaktes am Ende der Lehrveranstaltung.
schriftlich
Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. D.W. Mount · CSHL Press.
Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Baxevanis AD, Ouellette BF (eds) · John Wiley & Sons.
Computational Methods in Molecular Biology, Salzberg, Searls, Kasif. Elsevier.
Biological sequence analyses. Durbin, Eddy, Krogh, Mitchison. Cambridge University Press.
Die Vorbesprechung für alle Wahlmodule im Masterstudium findet am 7.3.2022 um 16 h in Präsenz in HS B statt. Für die Absolvierung des Wahlmoduls ist eine ganztägige Teilnahme an allen drei Teilen (Vorlesung, Seminar, Übung) erforderlich.