LFU:online

Students will acquire skills in using image analysis tools to solve tasks in bioimage analysis. 

Demonstrations and exercises will provide experience in applying open source image analysis tools for extracting numerical insights from bioimage datasets.  This will include:

Identifying appropriate steps for meaningful image quantification

Designing an applicable workflow in open source analysis programs

Executing filtering, segmentation, object identification, morphometrics, and tracking on 2D and 3D images

Creating simple programming scripts to assist in performing analysis tasks.

Studierende erwerben Kompetenzen im Einsatz von Bildanalysetools zur Lösung von Aufgaben in der Bioimage-Analyse.Bildanalysetools werden anhand realistischer Daten von Mikroskopen erarbeitet. Diese Daten umfassen typische Licht- und Fluoreszenzdaten, von einfachen Mikroskopaufnahmen bis hin zu anspruchsvollen Datensätzen aus der Superresolution-Mikroskopie. Demonstrationen und Übungen vermitteln praktische Erfahrungen im Einsatz von Open-Source-Bildanalysetools zur Gewinnung numerischer Erkenntnisse aus Bioimage-Datensätzen. Dies umfasst:

• Die Identifikation geeigneter Schritte für eine sinnvolle Bildquantifizierung
• Die Entwicklung eines anwendbaren Workflows in Open-Source-Analyseprogrammen
• Die Durchführung von Filterung, Segmentierung, Objekterkennung, Morphometrie und Tracking in 2D- und 3D-Bildern
• Das Erstellen einfacher Programmierskripte zur Unterstützung bei der Durchführung von Analyseaufgaben

Practical course. Coursework will include an independent project to solve a bioimaging problem.

Continuous assessment (based on written contribution and oral participation)

Will be provided

Preliminary meeting for optional modules will be held at the beginning of the semester.

It is obligatory to attend and participate in all parts (VO and UE) to complete the module.